垦丁的海洋生物博物馆不仅可以白天参观，夜间还提供和海洋生物一起夜宿的服务。
夜宿分为几个不同的区域，海底隧道、甲板区、白鲸区、极地区、海豹区和台湾水域区，价格1980TWD（海底隧道2380TWD）需要在海生馆的官网上报名。若是遇到学生寒暑假，则需要提前2个月报名比较保险。
海底隧道区分为三段，白天是游客参观的通道，晚间供参与夜宿行程的游客住宿。每人一套被褥，自己选喜欢的地方铺上，11点熄灯就寝，早上7点收被子吃饭。说到舒适度，当然没办法跟任何旅馆相比，唯一值得推荐的是，晚上睡觉的时候，你能看见奇形怪状的鱼隔着玻璃跟你对视。早上醒来的时候（5点透明的天窗就洒下阳光，想睡也睡不着），又有无数鱼类在你头顶游来游去。
