玛纳斯县位于新疆维吾尔自治区中北部，昌吉州最西部，准噶尔盆地南部。东接呼图壁县、西邻石河子市，南与和静县为界，北邻和布克赛尔蒙古自治县。玛纳斯县地处新疆腹地，与北部塔城、西部伊宁呈三角鼎立之势，素有乌鲁木齐“西大门”之称。玛纳斯县南部为天山山区，北部为古尔班通古特沙漠，中部为冲积扇平原。地势自东南向西北倾斜。