1. 维吾尔族的祖先是匈奴-突厥人；回族人的祖先是阿拉伯人丶波斯人和汉族人及他们通婚而生成的民族；
2. 维吾尔族基本遵行伊斯兰教规，但没有回族虔诚。维族的人喝酒、吸烟、不礼拜，女性不戴盖头的，也比回族多得多；
3. 民族服装不同，回族传统服装就是正统的阿拉伯服饰，头缠白布（叫戴斯塔尔，垂下一段在后脑勺），身穿长衫，一般夏天白色冬天黑色，女的带盖头；维吾尔族女的是火红色裙子，男的是绣花的上衣，帽子和回族的也不一样；
4. 语言不同，维吾尔族用阿勒泰语系突厥语族的语言，回族是汉语。宗教用语方面，一些伊斯兰教专用词汇，维吾尔族用波斯语，回族用阿拉伯语。如回族把真主叫做安拉（阿拉伯语），维吾尔族叫胡达（波斯语）；
5. 节日方面，维吾尔族重视古尔邦节，回族更重视开斋节。