菲鹰航空、宿务太平洋航空、菲律宾航空和亚洲飞龙航空都有航班往返马尼拉和公主港。宿务太平洋航空还有航班往返宿雾和公主港。从公主港也可搭乘小飞机飞往巴拉望的其他地方，如爱妮岛、科伦等。机场税100P/人。目前有两大国内线，航空公司 Cebu Pacific (往来地区为马尼拉跟宿雾) 跟 Philippines Airlines & Air Philippines (往来马尼拉)，其他国内线公司包括 Asian Spirit 与 Seair (El Nido 爱妮岛跟 Coron科隆) 也有小型航班飞行， 但是航班表时常变动，淡季不一定有飞，除了定位购票比较不便以外，出发前务必要跟航空公司确认行程。

公主城是巴拉望岛上海陆空运中心，吉普车Jeepney 跟九人座车 Van 存于城市间的交通， 主要车站在 San Jose Terminal位在 National Highway 南北向道路的中间，距离市区大约七公里。 公交车依不同路线而有不同公司经营，往北到 Roxas 之间的公路，是巴拉望岛上有路面铺设最好的一段，再往北从 Taytay 到 El Nido 则是充满小石子的省府道路，因此多数的巴士都是高底盘的，并且通常会客货两用，车上载人， 走道跟车顶载货。

目前有两家航运公司，航行于马尼拉到公主港之间，Superferry 以及 Negros， 出发时间通常是每周四、六或是每周五、日的下午，隔天清晨船先到科隆 Coron， 第二天晚上 (约出发24小时以后) 才抵达公主港，船票有分舱等或是供餐与否， 出发前最好再度确认海象，提前至少一小时抵达码头，海运也是需要安检的。